Powstanie styczniowe wybuchło 22 stycznia 1863 roku. Spowodowane było narastającym rosyjskim terrorem. Wielopolski, naczelnik rządu cywilnego Królestwa Polskiego, zwolennik ugody z Rosją, zarządził brankę, chciał 8 tysięcy polskich rekrutów wcielić do rosyjskiego wojska. Aby tego uniknąć, konspiratorzy zdecydowali się na ogłoszenie wybuchu powstania. Powstanie trwało do jesieni 1864 roku. Miało charakter wojny partyzanckiej. Było najdłużej trwającym polskim powstaniem narodowym. Spotkało się z poparciem międzynarodowej opinii publicznej. Stoczono ok. 1229 bitew i potyczek, z czego na województwo kaliskie przypada 131. Przez oddziały powstania styczniowego przewinęło się około 200 000 ludzi.
"Gdy ogłoszono powstanie, na terenie powiatu tureckiego było głucho, wtedy to właśnie w Miłkowicach skupiały się siły organizacji powstańczej, jak informuje Stępień w swojej pracy. Oto fragmenty.
Gdy w noc powstania w sandomierskim i płockim, na dalekim Podlasiu wrzała walka, lala się krew ofiarna, płonęły pożary serc i zagród, w kaliskim i łęczyckim panowała cisza. Powstanie - na razie przynajmniej - nie dało znaku życia. Z winy zresztą trochę naczelnej władzy narodowej, która nie dostarczyła na czas broni, a przede wszystkim zdecydowanych na wszystko dowódców wojskowych i naczelników powiatowych organizacji powstańczych. Honor województwa uratowały w styczniu dwa napady i dwie bitwy; Radomsko i Zduńska Wola, które choć dalekie, rzuciły iskry na zarzewie, tlące się w naszych okolicach. Ściągały powoli do niego grupki powstańców z okolicy - z Sieradza, Pabianic, Łasku, Szadku i Warty. Oksiński rozpoczyna marsz na Kalisz. W tureckim powiecie na razie głucho. W Miłkowicach zbiegają się początkowo wszystkie nici organizacji. Ogarnia ona i szerzy się głównie wśród szlachty okolicznej. Duża ilość dworów sprzyja rozwojowi powstania. Kompleksy lasów stwarzają duże możliwości. Umożliwia ją - jak zresztą wszędzie w kaliskim i w Polsce - polityka władz rosyjskich. Gen. Brunner z Kalisza ściąga z miasteczek załogi i skupia w Kaliszu. Rosji zależy na rozszerzeniu się powstania. Powstanie przybiera na sile. Pożar, który już wybuchł w kaliskim za przykładem reszty Polski i płonął."
Organizacją oddziałów powstańczych na naszych ziemiach zajął się Józef Oksiński - major wojsk polskich w powstaniu styczniowym w województwie kaliskim, inżynier. We wrześniu polecono mu zorganizować siły powstańcze w powiecie kaliskim i konińskim. W krótkim czasie zgromadził 12 plutonów liczących od 50 do 80 ludzi, co spotkało się z uznaniem ze strony naczelnika wojennego województwa kaliskiego, Franciszka Kopernickiego. W czasie zimy Oksiński przystąpił do przygotowania pospolitego ruszenia opartego na masowym udziale chłopów w oddziałach powstańczych. 
Fragment pamiętników.
"Ponieważ miasteczko Dobra obsadzone już było kolumną moskiewską o sile jednej roty piechoty i 25 kozaków, przeto zostawiwszy drogę na prawo, na Sarbice i Człopy przybyłem do Młynów, gdzie odnalazłem oddział w leśno-bagnistej pozycji stojący lewego brzegu Warty dotykając. Zastałem oddział na wymarszu, a gdym go jeszcze przy zapadającym dniu zlustrował, przekonałem się, iż kompania liczy z oficerami i szarżą 87 ludzi uzbrojonych w karabiny z bagnetami i 15 strzelców konnych, zaopatrzona na każden karabin w 60 gotowych ładunków, a do transportowania cztery konie juczne, na których przewożono zapasy żywności i niezbędne utensylia. O zapadającym zmroku wyszedłem z obozowiska, a korzystając z doskonałego przewodnika, leśnymi przeważnie drożynami w kierunku na Piekary, Skęczniew, Strachocice, stanąłem z oddziałem dobrze już po północy w lasach między Maszewem a Strachanowem położonych. Przenocowawszy w kupie nad brzegiem lasu, z nastaniem dnia, a bodaj 30 października 1863 r., ruszyliśmy w głębię leśną, a natrafiwszy na paromorgową łączkę nieznacznym strumykiem przerżniętą i otoczoną zwartym i dobrze podszytym lasem, założyłem na kraju lasu obóz w tyle przyległej łączki.
Kazałem wybudować dwa szałasy dla piechoty i szałas dla kawalerii. Zbadałem w mustrze wyćwiczenie żołnierzy w nabijaniu i celowaniu, a dalej w rozsypywaniu się w łańcuch tyralierski i w formowaniu frontu. Wynalazłszy między wiarą pięciu wysłużonych żołnierzy z wojska pruskiego, zamianowałem ich podoficerami-instruktorami i poleciłem im każdego dnia, z wyjątkiem dni marszu, ćwiczyć przez dwie do trzech godzin żołnierza w mustrze i nabijaniu oraz celowaniu na sposób pruski, a także i w fechtunku na bagnety. Poleciwszy im, jako starym i doświadczonym żołnierzom, iść na rękę i pomagać we wszystkim kapitanowi, zwróciłem się do Kurnatowskiego, a odprowadziwszy go na stronę zaleciłem mu, aby nigdy nie stał na miejscu obozem dłużej nad 48 godzin; aby zmieniając stanowiska na odległość trzech do czterech mil drogi w marszach nie używał dróg publicznych, lecz głównie posiłkował się drogami leśnymi i polowymi; ażeby żywność tak dla ludzi jak i dla koni rekwirował nie na miejscu stojąc obozem, lecz w marszu przechodząc około jakiegoś dworu, gdzie można zabrać wołu lub krowę i korzec kaszy i grochu i innych wiktuałów, na dwa dni dla stu ludzi wystarczających; żeby poruszenia i swe obozy zakładał w obrębie trójkąta, utworzonego przez miasteczka Dobra, Koźminek i Warta, pilnował sam pełnienia służby na czatach - i pilnując wszystkiego bacznie, jak na komendanta samoistnego oddziału przystało, wyrabiał się pracą i trudem na przyszłego dobrego dowódcę. A w końcu głównie mu zaleciłem, aby uczciwym i przyjacielskim postępowaniem z ludem wiejskim starał się nie tylko utrzymać to dobre usposobienie dla powstania, lecz jeszcze je zwiększył, gdyż w nadchodzącej zimie oni jedni mogą nas utrzymać i osłonić."
Zupełnie inną taktykę zastosowali powstańcy w okolicach Skęczniewa:
"Odpowiedział mi, iż jego pierwsza sekcja I plutonu jest rozkwaterowana w tych stronach po gajowych i osadach podleśnych, że podoficer kwateruje także u leśnego, że są przebrani po miejscowemu, broń mają schowaną w strzechach, a amunicję w stodołach i pomagają swym gospodarzom, u których kwaterują, w robotach domowych i leśnych. „Jak nas przed trzema dniami rozstawili, tak i stoimy, czekając aż nas zawołają do apelu.
Z raportu podoficera wynika, że ma w swej sekcji jedenastu żołnierzy, że wszyscy są w tych lasach albo w osadach podleśnych rozkwaterowani i zajęci spokojną gospodarską pracą, że ludzie miejscowi są dobrzy i lubią ich, i że codziennie do pana porucznika, który mieszka u leśniczego w Skęczniewie, posyła albo sam chodzi z ustnym raportem."
27 września 1863 roku między Skęczniewem a Miłkowicami doszło do potyczki z wojskami rosyjskimi. Pluton flankierów pod dowództwem por. Błażeja Kowalskiego, podkomendnego ppłk. Kajetana Słupskiego, uderzył na znacznie silniejszy oddział Kozaków, przednią straż kolumny Kondratieńki, idącej z Kalisza na Koło i pędził go pół mili aż pod skrzydła Kondratieńki (3 Moskali zabitych, 7 rannych).
Pisała o tym wydarzeniu także Gazeta Narodowa 1863 r
• 27 (?) września 1863 roku pod wsią Miłkowice doszło do utarczki między konnicą pułkownika Słupskiego a kozakami podpułkownika Kondriatieńki, który na czele dwóch rot piechoty, sotni kozaków i dwóch dział w tych okolicach za powstańcami się uganiał. Oddział Słupskiego wziął kilku kozaków do niewoli, kilku ubił, kilkunastu ranił, a resztę rozproszył, poczem zniknął szybko, zanim Kondriatieńko z główną siłą na pomoc kozakom zdążył zdołał.* Oto obszerne fragmenty opisu działań na najbliższym terenie- Gazeta Wielkiego Księstwa Poznańskiego.
"Poddębice… zrabowali 16 bezbronnych mieszczan i miasteczko zrabowali zupełnie. Zrabowanie domu nazwali Moskale rewizją, a zamordowanie 16 spokojnych mieszczan, nazajutrz po zajęciu miasteczka, nazwali zdobyciem miasta szturmem. Później, gdy już łupami obciążony oddział Krasnokutskiego przybył do Kutna, rozpoczął się podział łupów. Złoto i perły zabrane Żydówkom stały się powodem waśni, a potem bójki pomiędzy żołnierzami. Bili się o łupy tak zawzięcie, że ich ledwie uspokoić potrafili. Część łupów usiłował jenerał Krasnokutski żołnierzom odebrać, ale coraz bardziej dozwolonymi rabunkami popsuty żołnierz słuchać jego rozkazów nie chciał i dopuścił się czynów niesubordynacji. Wartość zrabowanych w Poddębicach rzeczy podają na 500.000 złp.
Oddziały powstańców tak konne, jak i piesze przebiegają kraj. Moskale wysyłają kolumny swoje, przed którymi ludność, jak przed Tatarami niegdyś ucieka i chroni się po lasach i dopiero po ich przejściu powraca do domów. Tydzień przeszło temu wyszedł z Kalisza podpułkownik Kondratienko z szliserburgskiego pułku na czele dwóch rot, dwóch dział i sotni Kozaków, i z szosy do Kola wiodącej zawrócił w stronę łęczycką, a wracając do Kalisza miał małe spotkanie 28 września niedaleko wsi Miłkowic. Utarczka zawiązała się miedzy konnicą pułkownika Słupskiego i Kozakami. Nasi zabrali dwóch Kozaków do niewoli, zabiwszy im 5 ludzi i kilkunastu raniwszy, resztę odpędzili. Straty nasze są małe. Bliższe szczegóły później otrzymam."
W okolicach Dobrej 1 października 1863 roku oddziałek piechoty (56 ludzi) pod por. Putzem odparł 2 roty piechoty moskiewskiej, szwadron huzarów i 50 Kozaków i z jednym rannym umknął cofając się w kierunku Tokar. 27 września 1863 kroniki powstańcze odnotowują potyczkę jego oddziału flankierskiego z Moskalami z Kalisza pod wodzą Kondratienki w rejonie Skęczniewa – Miłkowic. 6 października oddział kawalerii Słupskiego (240 koni) znowu walczył z tym samym przeciwnikiem, a płk Słupski szarżował wówczas na czele oddziału z pałaszem w ręku. 15 października jego oddział i podporządkowana mu partia płk. A. Matuszewicza walczyły w Rudnikach z oddziałem moskiewskim dowodzonym przez kpt. Wendorfa.. • Odstawienie skrzyń z bronią do komisarzy granicznych
• Przeniesienie oddziałów Generała poza Kalisz i pociągnięcie za sobą sił rosyjskich w kierunku Błaszek
• Wtedy wymarsz oddziału - około 1000 ludzi - z Wielkiego Księstwa Poznańskiego i przeprawa przez granicę. Nawet zatrzymanie części ochotników przez ułanów na granicy umożliwiłoby przedostanie się reszty w okolice Rudy.
• Dozbrojenie oddziału - broń dostarczyć miano już wcześniej
• Organizacja oddziału, sformowanie kompanii i przewiezienie ludzi na wozach w okolice Miłkowic
• Okrążenie Rosjan w Błaszkach - od południa przez Generała, a od północy przez sformowany dzięki tym posunięciom oddział
Przez Miłkowice i okoliczne tereny przemieszczały się oddziały powstańcze. Aby ograniczyć ich działanie, władze rosyjskie wydawały rozporządzenia mające to ukrócić. Chciano wciągając do działań miejscowe władze, wójtów, burmistrzów, ale jak widać z załączonych dokumentów nie na wiele to się zdało.
Okólnik Nr 14 Naczelnika Powiatu Kaliskiego o odpowiedzialności za brak reakcji na pojawiające się oddziały powstańcze Kalisz 28 III /19 IV 1863… komunikuje władzom policyjnym w dosłownym tłumaczeniu dla wiadomości i zastosowania się:
"W ostatnim czasie były bardzo częste wypadki, że powstańcy w nielicznych partiach, niekiedy nie więcej jak 2 lub 3 bezkarnie pokazywali się we wsiach i nawet i w ludniejszych miasteczkach, pozwalając sobie spełniać wszelkiego rodzaju gwałty, zabijając i wieszając ludzi, którzy okazali w czym bądź przychylność do prawego porządku.
Przypisując to zupełnej bezczynności miejscowych władz policyjnych, nieprzedsiębiorących żadnych środków dla ukrócenia tego złego, proszę W. Pana zawiadomić wszystkich wójtów gmin i burmistrzów' miast, iż jeżeli nie będą przez nich przedsiębrane przynależne środki dla ochronienia spokojnych mieszkańców od gwałtów i opisane wypadki miałyby się powtarzać, wówczas burmistrze i wójci gmin pociągnięci zostaną do surowej odpowiedzialności. Przy pokazaniu się niewielkich partii powstańców w liczbie 2 lub 3, a nawet więcej osób, chociaż i uzbrojonych, miejscowe policyjne władze obowiązane z pomocą miejscowych mieszkańców, na jaką zawsze liczyć mogą, chwytać i dostawiać ich władzom wojskowym…"
Tak się jednak nie działo. Wójt Miłkowic obszedł zarządzenia wysyłając raport, tak jak wielu innych.
Raport wójta gm. Miłkowice do Naczelnika Powiatu Kaliskiego o przemarszu powstańców Miłkowice 13/25IV1863 Nr 23. "W zastosowaniu się do przepisów mam honor donieść W. Naczelnikowi Powiatu, że dnia dzisiejszego pod wieczorem, przez terytorium dóbr Miłkowice przechodził oddział powstańców dobrze uzbrojony, lecz dokąd się udał i z ilu osób się składał nie wiadomo. Niespokojności ani szkód żadnych nie wyrządził w gminie tutejszej. Nadmieniam przy tym, że jednocześnie o tym doniosłem:
1.J. W. Naczelnikowi Wojennemu Okręgu Kaliskiego 2.W. Naczelnikowi Kaliskiej Żandarmskiej Komendy 3.Rządowi Gubernialnemu Warszawskiemu 4.Komisji Rządowej Spraw Wewnętrznych. NPK, sygn. 804, k. 660, oryg., rkps."

Uzupełnienie raportu burmistrza Dobrej Gustawskiego do Naczelnika Powiatu Kaliskiego o pobycie powstańców w mieście Dobra 10/22IV1863
"Nr 351. Przy zwrocie odręcznego reskryptu obok przytoczonego mam honor donieść W. Naczelnikowi Powiatu, że o ilości zawerbowanych mieszkańców miasta tutejszego przez przechodzących powstańców z wymienieniem ich nazwisk wiadomości udzielić nie mogę, gdyż bardzo wielu mieszkańców w obecnej porze wiosennej wychodzi z miasta za zarobkiem, zatem jest trudność skontrolowania, którzy poszli z powstańcami, a którzy są za zarobkiem…"

Na terenach objętych powstaniem wieś zachowywała rezerwę. Nie wszędzie dotarła zapowiedź reform. Chłopi woleliby dostać ziemię legalnie, od państwa, a nie od władzy powstańczej. Zdarzały się napady chłopów na dwory i współdziałanie z władzami carskimi. Donosicielami do władz rosyjskich bywała też mniejszość niemiecka. Pojawił się także problem stosunku chłopów do szlachty i kleru, a którzy to stanowili trzon oddziałów partyzanckich. Nie mamy informacji o sytuacji w Miłkowicach, ale w pobliskim Goszczanowie chłopi odgrażali się ziemianom dążąc do realizacji swoich celów, uwolnienia się od pańszczyzny i pozyskania ziemi. Reagowały nie tylko władze powstańcze, ale także rosyjskie.

Polecenie Naczelnika Powiatu Kaliskiego do wójta gm. Goszczanów w sprawie przesłania sądowi w Kaliszu wyników śledztwa dotyczącego gróźb włościan wobec ziemian i kleru. Kalisz 9/21IV1863
Nr 7432. W dalszej kontynuacji reskryptu z d. 3/15 bm. i r., nr 7073', "wzywa W. wójta gminy, iżby niezwłocznie przedstawił Sądowi Okręgowemu pierwiastkowe śledztwo względem poczynionych odgróżek przez włościan z gminy tamecznej pochodzących, a to celem wprowadzenia w bieg sprawy tej na drodze sądowej. NPK, sygn. 804, k. 629, minuta, rkps."

Władze rosyjskie rekwirowały wszelkie środki komunikacji żeglugi rzecznej dla celów wojskowych. Takie zarządzenie zostało wydane odnośnie promu w Miłkowicach będącego własnością W. Bogdańskiego.
Polecenie Naczelnika Powiatu Kaliskiego do wójtów gmin: Skotniki, Popów i Miłkowice w sprawie odesłania do Koła wszelkich urządzeń przewozowych na rzece Warcie Kalisz 27 III/8IV1863
Nr 6659. Na zasadzie reskryptu J. W. Naczelnika] Wojennego Oddziału Kaliskiego, daty wczorajszej za nr 1965, opartego na rozkazie Jego Cesarskiej Wysokości Namiestnika Królestwa, polecam p. wójtom gmin, aby wszystkie statki i narzędzie przewozowe do komunikacji na rzece Warcie w gminie tamtejszej znajdujące się niezwłocznie zniósł i odesłał do m. Koła, gdzie będą zachowane pod dozorem konsystującego* tam oddziału wojska.
0 wykonaniu niniejszego złożenie raportu w jak najkrótszym czasie zastrzegam dla doniesienia J. W. Naczelnikowi Wojennemu. NPK, sygn. 804, k. 576, minuta, rkps.
Raport wójta gm. Miłkowice do Naczelnika Powiatu Kaliskiego o odesłaniu promu do Koła Miłkowice 8/20IV1863 Nr 21. Na skutek reskryptu obok przytoczonego ma honor donieść W. Naczelnikowi Powiatu, że znajdujący się w gminie tutejszej na rzece Warcie prom do przewozu, będący własnością W. Bogdańskiego, pod dniem 3/15 b.m. odesłałem do miasta Koła, lecz że wojsko tam niekonsystuje obecnie, takowy więc prom burmistrz miasta Koła, wedle odezwy jego z dnia 6/18 bm. i r., nr 771, odesłał W. Naczelnikowi Powiatu Konińskiego NPK, sygn. 804, k. 631, oryg., rkps. )
Stacjonujące za tych terenach wojsko rosyjskie, a także oddziały powstańcze, korzystały z zaopatrzenia w żywność, niekiedy w broń, także konie, z zasobów majątków ziemskich, folwarków, włościan. Majątki ziemskie były opodatkowane na rzecz powstania. Wojska rosyjskie obciążały kwaterunkiem żołnierzy, mieszczan i dwory. Córka właściciela Skęczniewa Helena Anna Weil tak opisuje pobyt żołnierzy we dworze: Moi rodzice musieli przez dłuższy czas żywić setki żołnierzy i koni, także w oborze nie pozostało ani jedno cielę, ani jedna owca, gdyż wszystko ubito.”
Pod koniec maja 1863 Rząd Narodowy mianował Edmunda Taczanowskiego dowódcą wojsk województwa kaliskiego i mazowieckiego oraz awansował do stopnia generała. Dużym wydarzeniem było wejście oddziałów gen. Edmunda Taczanowskiego do Dobrej oraz złożenie przysięgi i odczytanie Manifestu Rządu Narodowego. Franciszek Kopernicki relacjonuje wejście powstańców: (godz. 11 w nocy)…wszystkie domy zastaliśmy oświetlone i mieszkańców radośnie i okrzykami nas witającymi.

W oddalonym o 4 km od Miłkowic Jeziorsku na cmentarzu rzymskokatolickim znajduje się mogiła zbiorowa 7 nieznanych powstańców styczniowych z oddziału Wincentego Pągowskiego, którzy polegli w boju z rosyjską kolumną ppłk. Bołdyriewa w sierpniu 1863 r. na polach pomiędzy Goszczanowem a
Jeziorskiem.
Rzeźbę znajdującą się na mogile powstańczej wykonała Halina Wincior-Orzerska córka nauczycieli miejscowej szkoły.

Bogdańscy, właściciele majątku w Miłkowicach, niewątpliwie sprzyjali powstaniu, nie można jednak dokładnie określić ich udziału w toczących się wydarzeniach. Nie wiemy też dokładnie, kto wtedy w dworze przebywał. Ktoś z mieszkańców dworu zginął w czasie powstania styczniowego lub, co bardziej prawdopodobnie, został zamordowany (nie udało się ustalić nazwiska) przez Moskali. Ustny przekaz głosi, że żona zamordowanego wyszła z dzieckiem na ręku z dworu tak jak stała i nigdy tam nie wróciła. Opowiadano, że za dworem zostały zakopane przez powstańców złote szable lub jakieś skarby, broń a może dokumenty, gdy powstanie upadło.
Znalezisko z okresu powstania styczniowego 1863 roku - Krzysztof Gorczyca Dział Archeologiczny Muzeum Okręgowego w Koninie

W czasie ostatniego pobytu w Miłkowicach znaleziono przy dworze pocisk z powstania 1863 roku.
Wystrzelony pocisk z rosyjskiego wojskowego karabinu gwintowanego (wintowki) wzoru 1854 roku. Kaliber 7 linii (17,78 mm), waga 43 g.

Pamięć o wydarzeniach z 1863 roku przetrwała w mojej rodzinie ze strony ojca przez pokolenia, musiało być to dla nich ważne i prawdopodobnie wiązali z tym duże nadzieje. Chodziło oczywiście o zniesienie pańszczyzny, to sprawa oczywista. Świadkiem wydarzeń byli mój prapradziadek Wawrzyniec ur. 1806 i
jego syn Antoni ur.1850. Mój dziadek Walenty ur. 1883 przekazał wiedzę o powstaniu mojemu ojcu Stanisławowi ur. 1910. Ja, Halina ur. 1941, jestem kontynuatorką przekazu rodzinnego. Czy Wawrzyniec brał udział w powstaniu, nie wiem, nigdy o to nie zapytałam. Musieli mieć jednak bardzo emocjonalny stosunek do powstania, gdyż pamięć przetrwała. To dzięki opowieściom o tych wydarzeniach mojego taty, tak długo poszukiwałam dokumentów je potwierdzających, aż dotarłam do informacji o potyczce między Skęczniewem a Miłkowicami i stosunku do powstania ludności tych okolic. Jaka była rola dworu w Miłkowicach w powstaniu nie zdołałam ustalić, gdyż wszystkie pamiętniki dotyczące tego okresu, urywają się na pograniczu ziemi sieradzkiej.
Tak tato, twoje słowa nie ulatują z wiatrem, córka podtrzymuje tradycję rodzinną.