Cmentarze w Miłkowicach były trzy, najstarszy obok kościoła, drugi niedaleko Warty na wschód położony, trzeci - obecny, obok drogi nr 83.
Najstarszy cmentarz, gdzie chowano ludzi co najmniej od XIV wieku, rozciągał się wokół kościoła. Nie mamy planu cmentarza, jednak na pewno położony był na terenie obok obecnej plebanii. Kiedy kopano fundamenty pod plebanię, wykopano wiele czaszek ludzkich, które zostały ułożone w pryzmę obok fundamentów. Wydarzenie to zapamiętała z opowieści rodzinnych moja mama. Przez cztery wieki zalegały w ziemi. Cmentarz rozciągał się także w kierunku południowym. Podczas elektryfikacji wsi, po drugiej stronie dzisiejszej drogi wiodącej do kościoła, kopiąc doły pod słupy, natknięto się na płytę marmurową. Droga musiała więc przebiegać w nieco innym miejscu. Co prawda cmentarze kiedyś nie zajmowały tyle miejsca, ile zajmują obecnie, gdyż mogiły znakowano tylko krzyżem, niekiedy okładano je darnią, więc ich czas liczył się tak długo, jak długo trwałą pamięć o zmarłym. Nagrobki kamienne należały raczej do rzadkości i mogli sobie na nie pozwolić tylko najzamożniejsi mieszkańcy, ale tych przecież przez ten czas w Miłkowicach nie brakowało. Resztę tajemnic cmentarnych kryje ziemia wokół kościoła. Pozostałością po nim jest teren okalający obecny kościół o powierzchni 0,25 ha otoczony kamiennym parkanem, i nazwany cmentarzem na pamiątkę najstarszego cmentarza. Reszta najstarszego cmentarza pozostała poza ogrodzeniem kościoła.
Na początku XIX wieku funkcjonowały dwa cmentarze – stary i nowy. Przed 1825 rokiem został założony nowy cmentarz, położony w odległości około 500 m od kościoła w kierunku wschodnim, niedaleko rzeki Warty. Pierwotnie cmentarz znajdował się w pewnej odległości od drogi, po powiększeniu w roku 1921 obejmował obszar 1,22 hektara i położony był już blisko niej. Ogrodzony był wokół siatką, a kamiennym murem tylko od strony południowej Na cmentarz wiodła kuta brama z furtkami. Najstarszą część cmentarza z biegiem czasu zarosły krzewy i drzewa. Dawne pochówki zrównały się z ziemią, nie miał kto już doglądać grobów, wymarły całe pokolenia. Obok ogrodzenia rosły brzozy, dęby i inne drzewa, niektóre bardzo okazałe. Środkiem wiodła główna alejka krzyżująca się z alejką poprzeczną. Na ich przecięciu stał krzyż, który zachowano po likwidacji cmentarza. Wzdłuż głównej alei cmentarnej, w starej części cmentarza, jeszcze po wojnie, usytuowane były okazałe murowane grobowce, chyba dawnych właścicieli Miłkowic i osób szczególnie zasłużonych, które z biegiem czasu uległy zniszczeniu. Zrujnowane drewniane drzwiczki z metalowymi zawiasami odsłoniły wnętrze, widać było szczątki trumien i szkielety ludzkie. Grobowce rozebrano, a zwłoki złożono we wspólnej mogile. Mieszkańcy Miłkowic określali go jako grób matki księdza Krzesińskiego, gdyż w tym miejscu się znajdował, był to prosty, cementowy postument. Przeniesiono tam też zwłoki ks. Liboriusza Przedworskiego, którego nazwisko odczytano. Reszty nazwisk osób tam spoczywających nie dało się ustalić. Były to pochówki wcześniejsze, tym bardziej, że fundatorzy kościoła zostali pochowani w jego podziemnej krypcie. Grobowce poprzednich właścicieli Miłkowic musiały być wybudowane na cmentarzu do 1882 roku lub przeniesione z cmentarza przykościelnego.
Dawniej inaczej wyglądały cmentarze. Nie dbano o groby w takim sensie, jak robimy to dzisiaj. Porządkowano groby, przyozdabiano na Wszystkich Świętych świerkiem i chryzantemami, zapalano świeczki, rzadziej znicze, i w ten sposób oddawano hołd zmarłym. W pozostałe dni roku okolicznościowo oczyszczano mogiłkę z chwastów, położono niekiedy kwiaty z ogródka na znak pamięci, grabiono teren wokół grobu. Pamiętam z tego okresu pomniki moich pradziadków Szczepaniaków, które kojarzyły mi się z kamiennymi trumnami. Takich nagrobków widziałam na cmentarzu kilka, widocznie taka była wtedy moda cmentarna.
Z prawej strony cmentarza, ale nieco dalej w kierunku studni, która była punktem odniesienia dla poszukujących czyjegoś grobu, co nie było wcale sprawą taką prostą, szczególnie dla przybysza z zewnątrz, znajdował się grób pilota Zdzisława Mutkowskiego zestrzelonego przez Niemców w Woli Miłkowskiej, a pochowanego na cmentarzu w Miłkowicach. Opiekę nad nim przejęły dzieci szkolne. Sama przychodziłam tam z moją nauczycielką panią Ławińską, która w ten sposób kształtowała nasze poczucie patriotyzmu i pamięci o zmarłym. Tablicę nagrobną ufundowali mieszkańcy Miłkowic.
- Stary cmentarz miał swoją niepowtarzalną atmosferę. Otoczony starym, kamiennym parkanem, zarośnięty krzewami bzu, w cieniu których przycupnęły mogiłki obsadzone kolorowymi kwiatkami, grobowce dawnych właścicieli Miłkowic i zamożniejszych mieszkańców wzdłuż głównej alejki, stary dębowy krzyż na środku cmentarza, dumnie szumiące dęby i pokorne brzozy ze spuszczonymi gałęziami wzdłuż ogrodzenia, wydzielone miejsce dla samobójców i niemieckich żołnierzy skryte z boku cmentarza, a wszystko tutaj kipiało latem zielenią i pobrzmiewało śpiewem wilg, równo obdzielających wszystkich ludzi pochowanych na cmentarzu. Było to piękne i godne miejsce spoczynku dla tych, którzy odeszli. – tak opisałam w swojej książce stary cmentarz, gdyż takim go pamiętam. Tak naprawdę zadbany był tylko front cmentarza, starą jego część stanowił niekończący się labirynt drzew i krzewów, gdzie w czasie Wszystkich Świętych gdzieniegdzie tylko pełgały blade światełka pamięci tych, którzy dawno temu odeszli.
Budowa zbiornika „Jeziorsko” wymusiła likwidację cmentarza, którego teren w czasie spiętrzenia wody miał być zalewany. Cmentarz został przeniesiony w inne, bardziej odległe miejsce. Teraz znajduje się w odległości 1,5 km od kościoła.
Nowy cmentarz. Lokalizacja cmentarza od początku budziła sprzeciw mieszkańców. Zawiązał się nawet komitet protestacyjny. Prym wiódł mieszkaniec Strachocic, nazwiska niestety nie pamiętam. Protestowano słusznie, gdyż cmentarz zlokalizowano na terenie gliniastym, co było już utrudnieniem, położony miał być obok ruchliwej drogi nr 83. Utrudniało to, szczególnie starszym ludziom, dojście do cmentarza. Niestety, nie wysłuchano głosów parafian i cmentarz powstał na terenie, gdzie obecnie się znajduje. Od momentu jego powstania narastały problemy, które były do przewidzenia od początku.
W 1985 roku przewieziono wszystkie szczątki ludzkie z 1252 grobów, które dały się zlokalizować, na nowe miejsce. Dla mieszkańców Miłkowic i okolicznych miejscowości ekshumacja ciał ich bliskich, którzy spoczywali na starym cmentarzu, była trudnym momentem w ich życiu. Bywało, że towarzyszyli ekipie zajmującej się odkopaniem grobów, był to jednak próg nie dla wszystkich do pokonania. Przenosin dokonali pracownicy Zakładu Usług Pogrzebowych „Silentium" z Poznania. Wiosną pojawił się problem wysokiego stanu wód podziemnych. Latem czasowo wstrzymano ekshumacje i pogrzeby. Okazało się, że nasyp, na którym usytuowany jest cmentarz, został niepotrzebnie obwałowany humusem przemieszanym z gliną. Zebrana wewnątrz woda nie miała ujścia. Wykonano filtry w obwałowaniu, zrobiono meliorację opaskow. Poziom wody opadł o kilka metrów...
„Z tylu cmentarza jest rząd tablic, przy których nie leży ani jeden kwiat, to tak zwane groby administracyjne. Znane są dane personalne tam pochowanych. ale nie zgłosił się nikt z rodziny, aby wybrać miejsce dla grobu i załatwić formalności, mimo że o przenosinach miłkowickiego cmentarza wielokrotnie anonsowano w prasie ogólnopolskiej”. Pochowani są w zbiorowej mogile ” - pisał dziennikarz „Echa Turku”.
Kiedy już uporano się na cmentarzu z obniżeniem poziomu wód gruntowych i po wykopaniu grobu nie napływała doń woda, na tym właśnie cmentarzu miejsce wiecznego spoczynku znaleźli kolejni mieszkańcy parafii Miłkowice, którzy zmarli po 1985 roku. Cmentarz powoli się zapełniał. Posadzono wokół niego drzewa, które z biegiem czasu wycięto ze względu na bezpieczeństwo żywych. Jest to cmentarz parafialny.
Zapisy w Kronice Parafialnej Miłkowic dotyczące cmentarza
1983 – podpisanie wstępnego protokołu odnośnie przejęcia nowego cmentarza przez parafię
1983 - Nieporozumienia związane z lokalizacją cmentarza z powodu usytuowania go na gliniastym gruncie. W wyniku podpisanej umowy w obecności ks. Czesława Górnego, sołtysa Mieczysława Stępniewskiego, Jana Tutaka oraz Stanisława Osiwały dokonano wykopu na terenach cmentarza i wypełniono go piaskiem.
1983 – Stanisław Osiwała sporządził spis rozlokowania grobów na nowym cmentarzu pobierając opłatę na zagospodarowanie cmentarza.
1.11.1983 - nowy cmentarz oddany do użytku, jako pierwszy został pochowany Władysław Tomczyk z Rzymska
1984 – ostateczne przekazanie cmentarza po usunięciu usterek w ogrodzeniu 1984 – założenie księgi hipotecznej przez ks. Majewskiego, koszt 10 000 zł.
03.1985 – spotkanie związane z przenosinami cmentarza z udziałem przedstawicieli ekipy z Poznania, która miała przeprowadzić ekshumację, delegatów dyrekcji budowy zbiornika Jeziorsko i członków Rady Parafialnej w osobach - Michalski Eugeniusz Strachocice, Walaszczyk Józef Rzymsko BG, Tutak Jan i Osiwała Stanisław Miłkowice.
15.04.1985 – Rada Parafialna z proboszczem wystosowała pismo ze 115 podpisami do Dyrekcji budowy zbiornika w sprawie przeprowadzenia melioracji cmentarza.
5.05.1885 - rozpoczęcie prac przy przenoszeniu cmentarza, rozbiórka ogrodzenia, podzielenie cmentarza na cztery kwatery i oznakowanie wszystkich grobów.
24.05. – 30.07.1985 - zakaz pochówków wydany przez Inspektora Sanitarnego z Turku ze względu na wysoki poziom wód gruntowych.
1985 – po ustalonym czasie dwóch lat od ostatniego pochówku na starym cmentarzu nastąpiła ekshumacja zwłok i przeniesienie ich na nowy cmentarz.
1.11.1985 – nabożeństwo w Dniu Święta Zmarłych odprawione zostało na starym i nowym cmentarzu w związku z tym, że nie wszystkie groby zostały przeniesione.
5-16.11.1985 – zakończenie przenosin starego cmentarza

Mapa z 1835 roku, zanaczono już cmentarz niedaleko  rzeki Warty zwany starym cmentarzem

Stary cmentarz po przeniesioniu grobów, na skrzyżowaniu alejek drewniany krzyż

Widoczny cmentarz obok kościoła, pozostałość po najstarszym cmentarzu

Dzień Wszystkich Świętych

Miejsce spoczynku lotnika polskiego zestrzelonego w Woli Miłkowskiej we wrześniu 1939 roku Zdzisława Mutkowskiego, obok spoczywa jego matka. 

Symboliczny grób księdza Przedworskiego